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Cette question taraude les chercheurs, ils ont donc créé des modèles tentant de trouver un raisonnement pouvant aider à la mise au point d’une réponse structurée contre l’apparition d’un nouveau variant de SRAS-CoV-2 plus résistant…
La réponse des lymphocytes T chez l'homme est codée génétiquement par les molécules HLA - ce qui signifie que des individus différents ont des HLA différents, programmés pour reconnaître les agents pathogènes envahissants en fonction de différentes parties, ou "épitopes", des agents pathogènes. Avec des milliers de molécules HLA différentes dans la population humaine et des milliers d'épitopes possibles dans un virus donné, l'évaluation expérimentale de la réponse immunitaire de chaque allèle HLA humain à chaque variante virale n'est pas réalisable. Toutefois, les méthodes de calcul peuvent faciliter cette tâche.
Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont d'abord déterminé l'ensemble des épitopes d'une souche de référence originale du SRAS-CoV-2 provenant de Wuhan, en Chine. En tout, 1 222 épitopes du SRAS-CoV-2 ont été associés aux principaux sous-types HLA, couvrant environ 90 % de la population humaine ; au moins 9 personnes sur 10 peuvent déclencher une réponse des lymphocytes T au COVID-19 sur la base de ces 1 222 épitopes. Ceci constitue une bonne nouvelle, mais on sait que les virus mutent.
Ils ont analysé les près de 120.000 isolats différents du virus présentant des mutations de ces épitopes. Environ 47 % des épitopes étaient mutés dans au moins un isolat existant. Dans certains cas, plusieurs mutations intervenaient dans un isolat sur plusieurs épitopes. Cependant cela n’a jamais affecté plus de 15% des épitopes pour un allèle d’HLA donné.
Les auteurs se sont aussi intéressés aux régions géographiques d’où provenaient les isolats potentiellement susceptibles d’échapper à la réponse cytotoxique. En fait, ces isolats mutés coexistent en Afrique subsaharienne, en Asie orientale et sud-orientale. C’est là également où le taux de vaccination est souvent très et trop faible. Actuellement, les modifications de ces isolats ne mettent pas en péril la vie humaine au niveau mondial, mais ils lancent une alerte pour ces populations particulières.
Predicted impact of the viral mutational landscape on the cytotoxic response against SARS-CoV-2
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