Dat is de vraag die onderzoekers heeft beziggehouden, en daarom hebben ze modellen gemaakt die proberen een rationale te vinden die kan helpen bij het ontwikkelen van een gestructureerde reactie tegen het opduiken van een nieuwe, meer resistente variant van SARS-CoV-2...
De menselijke T-celrespons is genetisch gecodeerd door HLA-moleculen - wat betekent dat verschillende individuen verschillende HLA's hebben, die zijn geprogrammeerd om binnendringende ziekteverwekkers te herkennen op basis van verschillende delen, of "epitopen", van de ziekteverwekker. Met duizenden verschillende HLA-moleculen in de menselijke populatie en duizenden mogelijke epitopen in een gegeven virus is een experimentele beoordeling van de immuunrespons van elk menselijk HLA-allel op elke virusvariant niet haalbaar. Computationele methoden kunnen deze taak echter vergemakkelijken.
In deze nieuwe studie hebben de onderzoekers eerst de reeks epitopen bepaald van een originele referentiestam van SARS-CoV-2 uit Wuhan, China. In totaal werden 1.222 SARS-CoV-2-epitopen geassocieerd met belangrijke HLA-subtypes, die ongeveer 90% van de menselijke bevolking bestrijken; ten minste 9 van de 10 mensen kunnen een T-celrespons op COVID-19 ontwikkelen op basis van deze 1.222 epitopen. Dit is goed nieuws, maar virussen staan erom bekend te muteren.
Zij analyseerden de bijna 120.000 verschillende isolaten van het virus met mutaties in deze epitopen. Ongeveer 47% van de epitopen waren gemuteerd in ten minste één bestaand isolaat. In sommige gevallen traden in één isolaat verscheidene mutaties op verscheidene epitopen op. Dit betrof echter nooit meer dan 15% van de epitopen voor een bepaald HLA-allel.
De auteurs waren ook geïnteresseerd in de geografische regio's waaruit de isolaten afkomstig waren die mogelijk gevoelig waren voor de cytotoxische reactie. In feite komen deze gemuteerde isolaten naast elkaar voor in Afrika ten zuiden van de Sahara en in Oost- en Zuidoost-Azië. Dit is ook het gebied waar de vaccinatiegraad vaak zeer laag en te laag is. Op dit ogenblik zijn de veranderingen in deze isolaten niet levensbedreigend op wereldniveau, maar zij vormen wel een alarmsignaal voor deze specifieke populaties.
Predicted impact of the viral mutational landscape on the cytotoxic response against SARS-CoV-2
Delen via e-mail