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Une expérience génétique prend du temps et coûte beaucoup d’argent pour être menée de A à Z. Ces expériences sont nécessaires pour comprendre comment un gène fonctionnel, mais elles pourraient être remplacées par l’informatique…
En effet, une équipe de chercheurs a mis au point un logiciel, CellOracle, capable de modéliser des centaines d’expériences génétiques en quelques minutes. Ceci permet d’identifier rapidement les gènes clés dans le développement de certaines maladies. Le logiciel est open source.
Les chercheurs ont exploité les processus de développement bien connus de la formation des cellules sanguines chez la souris et l'homme et du développement embryonnaire chez le poisson-zèbre pour valider le bon fonctionnement de CellOracle.
Cerise sur le gâteau, le logiciel a découvert de nouveaux rôles pour certains gènes dans le développement du poisson-zèbre (Danio rero ou zebra-fish) qui n'avaient pas été identifiés auparavant.
Par ailleurs, leur recherche dépasse le cadre théorique. Ainsi, ils ont trouvé que certains gènes de peau une fois amplifiés sont capables d’induire une régénération intestinale ou hépatique. Cet outil prédictif informatique est donc très précieux pour modéliser la reprogrammation cellulaire. Selon les auteurs, les méthodes de conversion sont malheureusement souvent inefficaces n’ayant un succès que dans environ 2 % des cas. Des outils comme CellOracle permettent de mieux guider les chercheurs sur les ajouts à utiliser dans le mélange afin que la transformation des cellules aboutissent.
CellOracle est capable d’identifier les gènes d’une dizaine d’espèces différentes en passant par l’homme, la souris, le poisson zèble, mais aussi le cobaye, la drosophile, des levures et même une plante : l’arabidopsis…
Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation
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