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Malgré la révolution thérapeutique apportée par les inhibiteurs de points de contrôle immunitaire (ICI) dans la prise en charge du mélanome, l'hétérogénéité de la réponse clinique demeure un défi. On cherche donc les biomarqueurs les plus prédictifs d’une réponse à ces traitements somme toute coûteux.
Une récente méta-analyse a entrepris de consolider les cibles microbiotiques à partir du séquençage métagénomique fécal provenant de 15 cohortes distinctes (763 échantillons pour 484 patients), incluant des essais de monothérapie par ICI et des essais combinant ICI et transplantation de microbiote fécal (FMT).
Les résultats soulignent que la signature prédictive de l'efficacité dépend étroitement du contexte thérapeutique. Dans les cohortes traitées par ICI seuls, les répondeurs présentent un microbiome enrichi en bactéries commensales productrices d'acides gras à chaîne courte (SCFA). À l'inverse, les profils des patients non répondeurs se caractérisent par la prolifération de taxons microbiens associés aux dysbioses intestinales.
Dans le contexte des thérapies combinant ICI et FMT, la réponse clinique est plutôt corrélée à des communautés bactériennes favorisant des remaniements du métabolisme des acides aminés, des nucléotides et des cofacteurs. Les modèles de prédiction multimodale identifient fréquemment des clusters de gènes liés à la production de peptides antimicrobiens et de polysaccharides de surface bactériens. Cette intégration de données confirme qu'aucune espèce bactérienne universelle unique ne permet d'anticiper la réponse immunologique ; les futures interventions ciblant le microbiome devront s'appuyer sur des voies métaboliques fonctionnelles précises.
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